Svaki učesnik organske poljoprivrede mora biti kontrolisan bilo da je proizvođač, prerađivac, trgovac, prodavnica na veliko, na malo, izvoznik, restoran i imati sertifikat kojim se potvrđuje da je njegova delatnost bila pod kontrolom kontrolne organizacije. Svaki kontrolisan entitet ima svoj sertifikat, npr. za proizvodnju, za preradđeni proizvod, trgovinu na malo, izvoz, za restoran i td.
Stručnom kontrolom utvrđuje se da li je neki proizvod, proces ili usluga u skladu sa standardima organske proizvodnje. Kontrolu vrše ovlašćene kontrolne organizacije. Na osnovu izveštaja iz stručne kontrole, donosi se odluka o sertifikaciji organskih proizvoda i izdaje se sertifikat.
Sertifikacija je postupak na osnovu koga ovlašćena kontrolna organizacija izdaje pismeno uverenje ( sertifikat ) kojim potvrđuje da je organski proizvod proizveden u skladu sa Zakonom o organskoj proizvodnji.
Sertifikat je jedina garancija potrošaču da je organski proizvod proizveden u skladu sa standardima organske poljoprivrede.
Sertifikat koji se izdaje za organski proizvod važi godinu dana od dana izdavanja. Dobijanjem sertifikata od ovlašćene organizacije stiče se pravo na korišćenje nacionalnog znaka „organski proizvod“ i logotipa setifikacionog tela na etiketi proizvoda. Obeležavanje proizvoda je važan elemenat sertifikacije.Funkcija pravilnog obeležavanja je da na tržištu,praktično odvoji organske proizvode od ostalih ,,lažnih” organskih, kako potrošači ne bi bili dovodjeni u zabludu.Zbog toga etiketa mora sadržavati sve informacije u skladu sa zakonskom regulativom na osnovu kojih će kupac proceniti da kupuje sertifikovan organski proizvod.
Ukoliko se proizvodi iz organske proizvodnje uvoze, pored posedovanja sertifikata nadležnog organa zemlje porekla organskih proizvoda, uvoznik je dužan da obezbedi i potvrdu ( resertifikat ) koji mu izdaje ovlašćena organizacija na njegov zahtev.