U preradi organskih proizvoda koriste se isključivo sertifikovani organski sastojci. Identifikacija svih faza kroz dokumentaciju, obeležavanje ambalaže u svim fazama proizvodnje, kao i adekvatno skladištenje ključni su elementi prerade organskih proizvoda.
Tehnološki postupci u preradi organskih proizvoda odvijaju se u kontinuitetu i bez mešanja sa sastojcima i proizvodima iz konvencionalne proizvodnje. Ukoliko se  paralelno sa konvencionalnom linijom želi proizvoditi i organska linija proizvoda, celokupan postupak prerade mora biti odvojen u vremenu ili prostoru od tehnoloških postupaka konvencionalne proizvodnje namirnica. Takođe, neophodno je da sva mašinska oprema bude očišćena dozvoljenim sredstvima pre prerade organskih proizvoda. Mešanje organskih i konvencionalnih proizvoda striktno se mora izbegavati.
Verodostojna sertifikacija i obeležavanje kako primarnih tako i gotovih proizvoda važni su za potrošača, kako bi bio u stanju da razlikuje autentične organske proizvode.
Domaći prerađeni sertifikovani organski proizvod može se obeležiti nacionalnim znakom i kodom/logom ovlašćene kontrolne organizacije koja je u poslednjoj fazi proizvodnje izvršila sertifikaciju tog proizvoda, ako sadrži najmanje 95% sastojaka poljoprivrednog porekla koji su proizvedeni, u skladu sa zakonom kojim se uređuje organska proizvodnja.
Neoznačavaju se sa nacionalnim znakom  prerađeni proizvodi koji sadrže manje od 95% sastojaka  poljoprivrednog porekla koji su proizvedeni metodama organske proizvodnje, ali u spisku sastojaka tog proizvoda.navodi  se ukupan procenat organskih sastojaka u odnosu na ukupnu količinu ostalih sastojaka poljoprivrednog  porekla;
Detaljnije u priručniku ,, Kako do sertifikovanog organskog proizvoda “.
Tehnološki postupci prerade u organskoj proizvodnji propisani su Pravilnikom o kontroli i sertifikaciji u organskoj proizvodnji i metodama organske proizvodnje (Objavljen u „Službenom glasniku RS”, број: 48/11).